再起動するとライセンスキーや設定が保存されていない
JoyToKey が Windows によって強制終了されてしまった場合、設定がうまく保存されない場合があります。まずは、設定を変更した後、もしくはライセンスキーを入力した後に、一度 JoyToKey を普通に終了させて、また再起動してみてください。それで情報が記録されていれば成功です。
それでも、設定ファイルやライセンスキーがうまく保存されておらず、再起動するたびに、設定しないとならない場合、JoyToKey をインストールしたフォルダのアクセス権限をチェックする必要があります。
まず、エクスプローラで JoyToKey.exe が置いてあるフォルダに行き（もしくはメニューから「ファイル」→「設定ファイルのフォルダを開く」）、JoyToKey.ini という名前のファイルがあるかどうか調べてください。
ファイルが存在した場合、エクスプローラで右クリックし、プロパティを開いて、「読み取り専用」のチェックを外してみてください。
ファイルが存在しなかった場合、JoyToKey.exe が置いてあるフォルダをエクスプローラで右クリックし、プロパティを開いて、「読み取り専用」のチェックを外してみてください。
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